國立臺南藝術大學民族音樂學研究所成立於九十一學年度，視音樂為文化之一個現象，

在文化中進行對民族音樂之考察與研究。設有理論組、演奏組及樂器學組等三組。

從104學年度起分成理論組及音樂工業組二組。
為配合本所發展之需求，自107學年度將分為 A組（傳統與世界音樂組）、B組（音樂產業與社會實作組）、C組(樂器設計與製作組)。
A組（傳統與世界音樂組）以研究台灣傳統音樂、原住民音樂、海外華人音樂與世界音樂為主要對象，並強調音樂與社會文化互動的關係。
B組(音樂產業與社會實作組)音樂產業、音樂社會學、流行音樂的研究；以田野資料為基礎的影音作品創作；以音樂為出發的社會創新計劃。
C組(樂器設計與製作組）小提琴製作為本，物理聲學、木材學為輔，進行中外樂器之設計製作與聲學研究。